در منابع شیعه، روایات فراوانى درباره فضیلت و قداست سرزمین نجف آمده است، به همین جهت هر مؤمنى آرزوى زیارت این سرزمین و زندگى و دفن شدن در آن را دارد؛ زیرا بنا به گفته روایات، «هفتاد هزار نفر از این سرزمین بدون حساب محشور می‌شوند.»
مقابر شهر نجف
عادت شیعه، از دیرین‌ترین دوره‌ها، بر این بوده که مردگان خود را در شهر نجف به خاک می‌سپرده است. چه پادشاهان و عالمان و بزرگان و سرشناسانی که در این سرزمین آرمیده‌اند و چه بسیار مردگانی که از سرزمین‌های دور به این شهر منتقل شده و به تبرک جویی از قبر امیرمؤمنان در جوار آن، مدفون گشته‌اند. علاوه بر مرقد مطهر امام علی در شهر نجف ، مزارات دیگری نیز در این شهر وجود دارد.
قبور انبیاء
قبر حضرت آدم، نوح، هود و صالح در این شهر واقع شده است.
قبرستان وادی السلام
قبرستان وادی‌السلام، قبرستان کهن و تاریخی نجف اشرف، در شمال شرقی شهر واقع است و بیست کیلومتر مربع مساحت دارد. مقبره حضرت هود و صالح و قبر بسیاری از علما و سادات و هم‌چنین مقام‌های امام مهدی و امام صادق و امام سجاد در آنجا است. برای این قبرستان فضایل زیادی نقل شده است از جمله: امام علی می‌فرماید: «در این سرزمین ارواح مؤمنان دسته دسته با یکدیگر صحبت می‌کنند و هر مؤمنی در هر جایی از زمین بمیرد به او گفته می‌شود: «به وادی السلام ملحق شو که وادی السلام جایگاهی از بهشت است».
در نجف اشرف برخی از صحابه، تابعین و یاران امام علی و نواده‌های امامان به خاک سپرده شده‌اند. بسیاری از اینها در ثویه، سه کیلومتری نجف بین راه مسجد حنانه و مسجد کوفه، دفن هستند. این افراد عبارتند از:
• احنف بن قیس
• سهل بن حنیف
• عثمان بن حنیف
• عبیدالله بن ابی رافع
• خبّاب بن ارت
• رشید هجری
• عبداللَّه بن ابی اوفی
• کمیل بن زیاد نخعی
• عبدالله بن یقطر
• قنبر
• میثم تمار
• ابوبکر بن علی
• زید بن صوحان
• صعصعه بن صوحان
• عمرو بن حمق خزاعی
• سلیم بن قیس هلالی
• نصر بن مزاحم منقری
علاوه بر این افراد، افرادی چون ابوموسی اشعری، زیاد بن ابیه، مغیره بن شعبه، داود بن حسن مثنی، حسن مکفوف نیز در این منطقه مدفون‌اند.
مقبره فقها و علمای دین
نجف آرامگاه جمع بسیارى از عالمان بزرگ است. برخی از مدفونان در نجف عبارت‌اند از:
- شیخ طوسی؛ قبر وی کنار باب الطوسی حرم مطهر و در «شارع الطوسی» قرار دارد.
- علامه حلّی؛ وی در حجره‌ای میان ایوان طلای صحن مرقد امام علی در راهروى جنب گلدسته شمالى قرار داردبه خاک سپرده شده است. گفتنى است كه قبر سید مصطفی خمینی؛ فرزند حضرت امام در همین مقبره قرار دارد.
- ابن طاووس
- مقدس اردبیلی؛ وی و در ایوان حرم امام علی داخل اتاقی در کنار مناره جنوبی دفن شد.
- شیخ محمد حسن نجفی صاحب جواهر؛ وی در محله عماره به خاک سپرده شد.
- سید محمدمهدی بحرالعلوم؛ آرامگاه سید محمدمهدی طباطبایی، معروف به بحرالعلوم، و فرزندان او کنار آستان شیخ طوسی قرار دارد.
- شیخ مرتضی انصاری؛ شیخ مرتضی انصاری دزفولی در دالان باب القبله در سمت جنوبی صحن مطهر به خاک سپرده شد.
- ملا مهدی و پسرش ملا احمد نراقی؛ قبر این دو عالم نزدیک ایوان بزرگی است که در ضلع شمالی حرم واقع است.
- میرزای شیرازی؛ سید محمد حسن فرزند میرزا محمود، صاحب فتوای معروف تحریم تنباکو در مدرسه‌ای بیرون از صحن مطهر، قسمت شرقی باب طوسی دفن است.
- میرزا حسین نوری؛ قبر او در صحن امام، در سومین ایوان شرقی باب القبله، واقع است.
- سید اسداللَّه شفتی؛ وی در صحن امام، در اولین مقبره شرقی باب القبله، به خاک سپردند.
- شیخ عباس قمی؛ شیخ عباس محدث قمی، صاحب کتابهای مشهور مفاتیح الجنان و منتهی‌الآمال است. وی در کنار استادش میرزا حسین نوری دفن شد.
- میرزای نایینی؛ وی در صحن، در پنجمین مقبره جنوبی درب بازار، به خاک سپرده شد. وی در جریان انقلاب مشروطیت از اندیشمندان و متفکران سیاسی معاصر به شمار می‌رفت. کتاب تنبیه الامه و تنزیه المله وی حاوی اندیشه‌های سیاسی او درباره مشروطیت است.
- آخوند خراسانی؛ در مقبره جنوبى واقع در دالان باب الذهب قرار دارد. در نزدیك او مدفن فقیه مشهور میرزا حبیب الله رشتی و سید ابوالحسن اصفهانی واقع است.
- آیت الله بهبهانی؛ وى از رهبران مشروطیت بود كه بدست مخالفان و عوامل بیگانه ترور شد. قبر او در دومین مقبره پس از دروازه باب السوق، به سمت شمال قرار گرفته است.
- سید محمد باقر صدر؛ مدفون در وادی السلام است.
علاوه بر این بزرگان، كه داراى مقابر مشهورى هستند، در صحن و حجره‌هاى اطراف آن نیز گروه زیادى از شخصیت‌هاى دینى مدفون‌اند كه برخى از آنان عبارتند از آیات عظام: شیخ محمد حسن آشتیانی، سید محمود شاهرودی، شیخ محمد حسین کمپانی، شیخ جعفر تستری، سید محمد کاظم یزدی، شیخ جعفر کاشف الغطا، سید ابوالقاسم خویی، فخرالدین طریحی؛ صاحب کتاب مجمع البحرین، مقداد بن عبدالله حلی؛ صاحب العرفان فی فقه القرآن، عبدالعال کرکی؛ معروف به محقق ثانی و شهید ثالث و بسیاری از دیگر بزرگان و علمای تشیع.
مزار پادشاهان و رجال قاجاریه
برخی از پادشاهان و رجال قاجار که در حرم و صحن مطهر به خاک سپرده شده‌اند عبارتند از:
- آقا محمد خان قاجار
- سلطان محمد حسن خان قاجار
- آقاخان محلاتی رهبر فرقه اسماعیلیه